组织结构

党政管理部门

1 党委办公室(统战部)
2 党委组织部(老干部办公室)
3 党委宣传部(党校)
4 纪委(监察处、审计处
5 工会妇委会
6 团委(艺术教研室)
7 校长办公室(质量管理办公室、信访办公室、档案馆、校友联络处)
8 国际交流处(港澳台办公室、国际交流学院)
9 教务处
10 研究生院
11 科技处(科技研究发展部)
12 人事处(退休办公室、人才交流中心)
13 学生处(武装部、军事教研室)
14 财务处
15 资产管理处(后勤管理办公室、能源管理办公室、基建管理办公室)
16 保卫处(安全办公室)
17 发展规划处(高等教育研究所)
18 信息化办公室
19 实验室管理处基础实验实训中心
20 民生路校区管理委员会
21 国际教育学院

直属业务部门

1 图书馆
2 杂志总社(浦江教育出版社)

教学部门

1 商船学院
2 交通运输学院
3 经济管理学院(亚洲邮轮学院)
4 物流工程学院(中荷机电工程学院)
5 信息工程学院
6 外国语学院
7 文理学院
8 海洋科学与工程学院
9 法学院
10 徐悲鸿艺术学院
11 继续教育学院
12 海华高等技术学院
14 高等技术学院
15 港湾学校
16 国际航运学院

科研部门

1 物流科学与工程研究院(航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网)
2 海洋材料科学与工程研究院

其他部门

1 后勤中心(校医院)
2 基建服务中心
3 上海海大资产经营有限公司(上海海运工贸公司、上海育海航运公司、中国海洋工程公司浦东代表处、上海海笪文化传播有限公司、上海育海船务代理有限责任公司、上海海阳气象导航有限公司、上海邦达电子系统工程有限公司、上海海港设备监理咨询有限公司、上海海星印刷公司、上海联勤工贸实业公司、上海海园房地产开发有限公司、上海海园房地产经纪有限公司、上海航元海运技术开发公司、上海为国港口设备有限公司、上海海鹏宾馆、上海航蕴运输咨询有限公司)